Lagoa dos Gatos foi emancipada em 11 de Setembro de 1928 com denominação de Frei Caneca e mais tarde passou a se chamar Lagoa dos Gatos, pois os munícipes não se habituaram com o nome.

A origem do nome vem da seguinte história, Lagoa dos Gatos possuía matas densas e inóspitas e uma lagoa alimentada por uma nascente. Fatos históricos relatam que um caboclo caçador se deparou com gatos maracajás bebendo agua daquela lagoa, assim passaram a chamá-la de Lagoa dos Gatos.

O Gato Maracajá não é um gato domesticável, possui olhos e rabo grandes, e habitam florestas de todo o território brasileiro. Atualmente encontram-se em extinção.

Um fato histórico é que Lagoa dos Gatos foi palco da Guerra dos Cabanos (rebeldes que queriam restituir ao trono no brasil na época o Dom Pedro l). Lagoa dos Gatos teve seu papel pois era cercada por montanhas e terrenos acidentados,o que facilitavam para os rebeldes Cabanos.